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Academic Year/course: 2021/22

33423 - ADVANCED METHODS IN ELECTRONIC STRUCTURE, DYNAMICS AND MOLECULAR MODELLING

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Information of the subject

Code - Course title:
33423 - ADVANCED METHODS IN ELECTRONIC STRUCTURE, DYNAMICS AND MOLECULAR MODELLING
Degree:
748 -
762 -
Faculty:
104 - Facultad de Ciencias
Academic year:
2021/22

1. Course details

1.1. Content area

ADVANCED METHODS IN ELECTRONIC STRUCTURE, DYNAMICS AND MOLECULAR MODELLING

1.2. Course nature

Compulsory

1.3. Course level

Máster (EQF/MECU 7)

1.4. Year of study

2

1.5. Semester

Annual

1.6. ECTS Credit allotment

12.0

1.7. Language of instruction

English.

1.8. Prerequisites

There are no prerequisites. 

1.9. Recommendations

Not applicable. 

1.10. Minimum attendance requirement

Attendance is mandatory. 

1.11. Subject coordinator

Stefano Evangelisti (University Paul Sabatier Toulouse III). 

1.12. Competences and learning outcomes

1.12.1. Competences

BASIC AND GENERAL

CG01 - Students are able to promote, in academic and professional contexts, technological and scientific progress within a knowledge-based society and respect for: a) fundamental rights and equal opportunities between men and women, b) the principles of equal opportunities and universal accessibility for people with disabilities and c) the values of a culture of peace and democratic values.

CG04 - Students develop critical thinking and reasoning and know how to communicate them in an egalitarian and non-sexist way both orally and in writing, in their own language and in a foreign language.

CB6 - Possess and understand knowledge that provides a basis or opportunity for originality in the development and/or application of ideas, often in a research context.

CB7 - Students are able to apply their acquired knowledge and problem-solving skills in new or unfamiliar environments within broader (or multidisciplinary) contexts related to their area of study.

CB8 - That students are able to integrate knowledge and deal with the complexity of making judgements on the basis of incomplete or limited information, including reflections on the social and ethical responsibilities linked to the application of their knowledge and judgements.

CB9 - Students are able to communicate their conclusions and the ultimate knowledge and rationale behind them to specialist and non-specialist audiences in a clear and unambiguous way.

CB10 - That students possess the learning skills that will enable them to continue studying in a way that will be largely self-directed or autonomous.

CROSS-CUTTING

CT01 - The student is able to adapt to different cultural environments demonstrating that he/she responds to change with flexibility.

CT07 - Know how to communicate and argue knowledge, results and conclusions of research or professional practice to specialised and non-specialised audiences in a clear and unambiguous way.

CT11 - Identify and rigorously select the appropriate methodology to formulate hypotheses, define problems and design work strategies specific to research with an emphasis on ethical commitment.

SPECIFIC

SC15 - Understands the basic principles of ab initio methodologies and Density Functional Theory.

SC20 - Knows and critically evaluates the applicability of advanced methods of Quantum Chemistry to quasidegenerate systems, such as systems with transition metals or excited states (their spectroscopy and reactivity).

CE21 - Knows the theories and calculation methods for the study of solids and surfaces; critically evaluates their applicability to problems of catalysis, magnetism, conductivity, etc.

1.12.2. Learning outcomes

Not applicable. 

1.12.3. Course objectives

The course has the following objectives:

  • To familiarise students with the possibilities offered by Coupled Cluster methods for the calculation of a variety of molecular properties, essentially representing the response of the molecular system to an electromagnetic perturbation.
  • To learn the theoretical basis of the methods, providing information on the plane-wave-pseudopotential method and Fast Fourier Transform techniques.
  • Calculation, using DFT methods, of molecular properties of large systems, both for molecules and materials.
  • To obtain a theoretical description of the electronic structure that can be used to interpret experimental data, predict interesting phenomena and/or develop new theoretical concepts.
  • To introduce the Valence Bond (VB) theory.
  • Learn to interpret the results of different Valence Bond calculations using different orbital models. Learn multireference methods.
  • Learn to analyse the wave function using different methodologies (AIM, ELF, NBO...).
  • Outline the basic principles of the time-dependent wavelet packet approach.
  • To know the basics of classical Molecular Dynamics and the steps to prepare MD calculations.
  • Time-dependent wave packet approach: obtaining dispersion information.
  • Overview of reaction rate theories: the basic properties of elementary reactions obtained from reaction kinetic experiments.
  • Familiarity with methods combining classical dynamics with quantum description of parts of the system.
  • To know the techniques for coupling electronic and nuclear motion.

1.13. Course contents

Block 1 - Advanced methods in electronic structure.
- Valence bond theory.
- Electronic correlation with multi-configurational wave function methods.
- Wave function analysis.
- Coupled - Cluster theory.
Block 2 - Molecular dynamics and modelling.
- Intramolecular forces.
- Molecular dynamics: fundamentals and simulation of gas physisorption.
- Time-dependent wave packet approach: obtaining dispersion information.
- Ab-initio molecular dynamics: from theory to application.
- QM/MM schemes.

1.14. Course bibliography

  • F Weinhold, C. R. Landis. Valency and Bonding: A Natural Bond Orbital Donor‐Acceptor Perspective. (Cambridge Univ. Press. 2005)
  • R. F. W. Bader. Atoms in Molecules. A quantum theory. /Cambridge Univ. Press. 1990).
  • B. Silvi, A. Savin, Nature 371, 1994, 683.
  • C. Gatti, P. Macchi, Eds. Modern Charge Density Analysis. (Springer 2012).
  • Attila Szabo and Neil S. Ostlund, Modern Quantum Chemistry (Macmillan Publishing Co., Inc., 1982).
  • Trygve U. Helgaker, Poul Jorgensen, and Jeppe Olsen, Molecular Electronic-Structure Theory (John Wiley & Sons Inc., Chichester, 2000).
  • J. Stone “The Theory of Intermolecular Forces”, Oxford University Press, 2º Ed. UK. 2013.
  • “Computer simulations of liquids”, M.P. Allen and D.J. Tildesley, (Oxford Science Publications, 2000).
  • D. Marx, and J. Hutter, Ab Initio Molecular Dynamics: Theory and Implementation in Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry (J. Grotendorst Ed., John von Neumann Institute for Computing, Julich, NIC Series, Vol. 1, pp. 301-449, 2000).

2. Teaching-and-learning methodologies and student workload

2.1. Contact hours

 

 

 

#Horas

Porcentaje de actividades presenciales (mínimo 33% del total).

82

Porcentaje de actividades no presenciales.

161

2.2. List of training activities

 

 

Face-to-face activities

Nº hours

Theoretical lessons in the classroom

40

Computer-based practices

40

Evaluation activities

2

3. Evaluation procedures and weight of components in the final grade

3.1. Regular assessment

The final mark for the course will be based on: 20% final exam of the course and 80% corresponding to the delivery of a report of exercises proposed by the professor.

3.1.1. List of evaluation activities

 

 

Evaluation activity

%

Final exam

20

Exercises

80

3.2. Resit

The evaluation will be based on the delivery of a report with the proposed exercises.

3.2.1. List of evaluation activities

 

 

Evaluation activity

%

Exercicses

100

Continuous evaluation

0

4. Proposed workplan

Each year, the course will be organised by one of the universities in the consortium. For the academic year 2021 - 2022, it will be organised by the Université Paul Sabatier Toulouse III.


Curso Académico: 2021/22

33423 - MÉTODOS AVANZADOS EN ESTRUCTURA ELECTRÓNICA, DINÁMICA Y MODELIZACIÓN MOLECULAR


Información de la asignatura

Código - Nombre:
33423 - MÉTODOS AVANZADOS EN ESTRUCTURA ELECTRÓNICA, DINÁMICA Y MODELIZACIÓN MOLECULAR
Titulación:
748 - Máster Erasmus Mundus en Química Teórica y Modelización Computacional
762 - Máster en Química Teórica y Modelización Computacional (2021)
Centro:
104 - Facultad de Ciencias
Curso Académico:
2021/22

1. Detalles de la asignatura

1.1. Materia

MÉTODOS AVANZADOS EN ESTRUCTURA ELECTRÓNICA, DINÁMICA Y MODELIZACIÓN MOLECULAR

1.2. Carácter

Obligatoria

1.3. Nivel

Máster (MECES 3)

1.4. Curso

2

1.5. Semestre

Anual

1.6. Número de créditos ECTS

12.0

1.7. Idioma

Inglés

1.8. Requisitos previos

no hay. 

1.9. Recomendaciones

No aplica. 

1.10. Requisitos mínimos de asistencia

La asistencia a clases es obligatoria. 

1.11. Coordinador/a de la asignatura

Stefano Evangelisti (Universidad Paul Sabatier Toulouse III). 

1.12. Competencias y resultados del aprendizaje

1.12.1. Competencias

BÁSICAS Y GENERALES

CG01 - Los estudiantes son capaces de fomentar, en contextos académicos y profesionales, el avance tecnológico y científico dentro de una sociedad basada en el conocimiento y en el respeto a: a) los derechos fundamentales y de igualdad de oportunidades entre hombres y mujeres, b) los principios de igualdad de oportunidades y accesibilidad universal de las personas con discapacidad y c) los valores propios de una cultura de paz y de valores democráticos.

CG04 - Los estudiantes desarrollan un pensamiento y razonamiento crítico y saben comunicarlos de manera igualitaria y no sexist tanto en forma oral como escrita, en su lengua propia y en una lengua extranjera.

CB6 - Poseer y comprender conocimientos que aporten una base u oportunidad de ser originales en el desarrollo y/o aplicación de ideas, a menudo en un contexto de investigación.

CB7 - Que los estudiantes sepan aplicar los conocimientos adquiridos y su capacidad de resolución de problemas en entornos nuevos o poco conocidos dentro de contextos más amplios (o multidisciplinares) relacionados con su área de estudio.

CB8 - Que los estudiantes sean capaces de integrar conocimientos y enfrentarse a la complejidad de formular juicios a partir de una información que, siendo incompleta o limitada, incluya reflexiones sobre las responsabilidades sociales y éticas vinculadas a la aplicación de sus conocimientos y juicios.

CB9 - Que los estudiantes sepan comunicar sus conclusiones y los conocimientos y razones últimas que las sustentan a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.

CB10 - Que los estudiantes posean las habilidades de aprendizaje que les permitan continuar estudiando de un modo que habrá de ser en gran medida autodirigido o autónomo.

TRANSVERSALES

CT01 - El/la estudiante es capaz de adaptarse a diferentes entornos culturales demostrando que responde al cambio con flexibilidad.

CT07 - Saber comunicar y argumentar conocimientos, resultados y conclusiones de la investigación o práctica profesional a públicos especializados y no especializados de un modo claro y sin ambigüedades.

CT11 - Identificar y seleccionar con rigor la metodología adecuada para formular hipótesis, definir problemas y diseñar estrategias de trabajo propias de la investigación incidiendo en el compromiso ético.

 ESPECÍFICAS

CE15 - Entiende los principios básicos de las metodologías "ab initio" y Teoría de los Funcionales de la Densidad.

CE20 - Conoce y evalua críticamente la aplicabilidad de los métodos avanzados de la Química Cuántica a los sistemas cuasidegenerados, tales como, sistemas con metales de transición o estados excitados (su espectroscopia y reactividad).

CE21 - Conoce las teorías y los métodos de cálculo para el estudio de sólidos y superficies; evaluación crítica de su aplicabilidad a problemas de catálisis, magnetismo, conductividad, etc.

1.12.2. Resultados de aprendizaje

No aplica. 

1.12.3. Objetivos de la asignatura

El curso tiene  como objetivos: 

1. Familiarizar a los estudiantes con las posibilidades que ofrece los métodos Coupled Cluster para el cálculo de una variedad de propiedades moleculares, que representan esencialmente la respuesta del sistema molecular a una perturbación electromagnética.

2. Aprender las bases teóricas de los métodos, proporcionando información sobre el método de onda plana-pseudopotencial y las técnicas de Transformada Rápida de Fourier.

3. Cálculo, utilizando métodos DFT, de propiedades moleculares de sistemas grandes, tanto para moléculas como para materiales.

4. Obtener una descripción teórica de la estructura electrónica que se puede utilizar para interpretar datos experimentales, predecir fenómenos interesantes y / o desarrollar nuevos conceptos teóricos.

5. Introducir la teoría de Valence Bond (VB).

6. Aprender a interpretar los resultados de diferentes cálculos de Valence Bond utilizando diferentes modelos orbitales.

7. Aprender Métodos multireferenciales.

8. Aprender a analizar la función de onda usando diferentes metodologías (AIM, ELF, NBO...).

9. Esbozar los principios básicos del enfoque del paquete de ondas dependiente del tiempo.

10. Conocer los fundamentos de la Dinámica Molecular clásica y los pasos para preparar los cálculos MD.

11. Enfoque de paquete de onda dependiente del tiempo: obtención de información de dispersión.

12. Visión general de las teorías de las velocidades de reacción: las propiedades básicas de las reacciones elementales obtenidas a partir de experimentos de cinética de reacción.

13. Conocer los métodos que combinan dinámicas clásicas con descripción cuántica de partes del sistema.

14. Conocer las técnicas que permiten acoplar el movimiento electrónico y nuclear.

1.13. Contenidos del programa

Bloque 1 - Métodos avanzados en estructura electrónica.

· Teoría del enlace de valencia.

· Correlación electrónica con métodos de función de onda multiconfiguracionales.

· Análisis de la función de ondas.

· Teoría Coupled - Cluster.

 

Bloque 2 - Dinámica y modelización molecular.

· Fuerzas intramoleculares.

· Dinámica molecular: fundamentos y simulación de fisisorción de gas.

· Enfoque de paquete de ondas dependiente del tiempo: obtención de información de dispersión.

· Dinámica molecular ab-initio: de la teoría a la aplicación.

· Esquemas QM/MM.

1.14. Referencias de consulta

  • F Weinhold, C. R. Landis. Valency and Bonding: A Natural Bond Orbital Donor‐Acceptor Perspective. (Cambridge Univ. Press. 2005)
  • R. F. W. Bader. Atoms in Molecules. A quantum theory. /Cambridge Univ. Press. 1990).
  • B. Silvi, A. Savin, Nature 371, 1994, 683.
  • C. Gatti, P. Macchi, Eds. Modern Charge Density Analysis. (Springer 2012).
  • Attila Szabo and Neil S. Ostlund, Modern Quantum Chemistry (Macmillan Publishing Co., Inc., 1982).
  • Trygve U. Helgaker, Poul Jorgensen, and Jeppe Olsen, Molecular Electronic-Structure Theory (John Wiley & Sons Inc., Chichester, 2000).
  • J. Stone “The Theory of Intermolecular Forces”, Oxford University Press, 2º Ed. UK. 2013.
  • “Computer simulations of liquids”, M.P. Allen and D.J. Tildesley, (Oxford Science Publications, 2000).
  • D. Marx, and J. Hutter, Ab Initio Molecular Dynamics: Theory and Implementation in Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry (J. Grotendorst Ed., John von Neumann Institute for Computing, Julich, NIC Series, Vol. 1, pp. 301-449, 2000).

2. Metodologías docentes y tiempo de trabajo del estudiante

2.1. Presencialidad

 

Porcentaje de actividades presenciales (mínimo 33% del total).

Porcentaje de actividades no presenciales.

2.2. Relación de actividades formativas

 

 

Actividades presenciales

Nº horas

Clases teóricas en aula

40

Practicas con medios informáticos

40

Actividades de evaluación

2

3. Sistemas de evaluación y porcentaje en la calificación final

3.1. Convocatoria ordinaria

La nota final de la asignatura se basará en: 20% examen final de la asignatura y un 80% correspondiente a la entrega de un informe de ejercicios propuestos por el profesor.

3.1.1. Relación actividades de evaluación

Actividad de evaluación

%

Examen final

20

Ejercicios propuestos

80

3.2. Convocatoria extraordinaria

La evaluación se basará en la entrega de un informe con los ejercicios propuestos.

3.2.1. Relación actividades de evaluación

 

 

Actividad de evaluación

%

Ejercicios propuestos.

100

Evaluación continua

0

4. Cronograma orientativo

Cada año, la asignatura estará organizada por una de las universidades del consorcio. Para el curso 2021 - 2022, la encargada será la Universidad Paul Sabatier Toulouse III.